Agito adalah sekuel dari kamen rider kuuga yang tayang sebelumnya, yang berkisah tentang pemuda amnesia bernama soichi tsugami yang mampu bertransformasi menjadi mahkluk super bernama agito,sementara itu di tempat lain seorang pemuda bernama ashihara ryou(yuusuke tomoi) mengalami nasib serupa dengannya yang mengakibatkan dirinya dijauhi oleh orang sekitarnya bahkan pacarnya sendiri hingga ia berhenti kuliah.
Sementara itu kepolisian jepang memperkenalkan sistim anti huru-hara terbaru milik mereka yang disebut G3 unit yaitu cybernetic suit yang konon kabarnya dirancang meniru dari kuuga yang muncul membantu polisi 2 tahun sebelumnya,cybernetic suit ini digunakan oleh seorang polisi bernama makoto hikawa(jun kaname) seorang polisi yang sangat loyal dan berdedikasi tinggi.
Dalam aksi perdananya G3 berhadapan dengan sekelompok pembunuh yang hanya membunuh orang-orang yang mereka sebut Agito, soichi pun muncul membantu G3 unit menghadapi mereka yang pada awalnya G3 unit Tak berdaya melawan para pembunuh misterius ini.